Na początku nie było ściśle określonego programu dydaktycznego. Dopiero po Sejmie Czteroletnim ustanowiona Komisja Edukacji Narodowej zażądała od wszystkich pensjonatów klasztornych, aby rozszerzyły program nauczania i przyjęły regulamin szkoły, dopuszczający roczne egzaminy. Siostry Wizytki w Krakowie dostosowały się do tych wymogów i przekształciły swoją placówkę edukacyjną w szkołę z 5-letnim programem nauczania. Kiedy z kolei miasto dostało się pod zabór austriacki, wszystkie szkoły i pensjonaty musiały przyjąć program rządowy. Dzięki prowadzeniu pensjonatu klasztor Nawiedzenia nie został skasowany, gdyż w wykazach rządowych figurował jako należący do zakonów nauczających. W trosce o wysoki poziom nauczania przełożona m. Naczyńska poprosiła o pomoc wileński klasztor Nawiedzenia, który w styczniu 1864 r. przysłał 3 wykwalifikowane siostry. Raporty inspektorów szkolnych z tego okresu zawierają wysokie oceny pracy edukacyjnej krakowskiej placówki. Stała się ona sławna także poza granicami Polski. Przybywały do niej dziewczęta z głębi Rosji, Inflant, Szwajcarii, Węgier, z Paryża i Londynu. W systemie wychowawczym dziewcząt przyjęto tzw. metodę paryską. Uczono je “katechizmu, pisania, czytania, rachunków, gry na fortepianie, śpiewu oraz języka francuskiego”. System ten wymagał dużego zdyscyplinowania zarówno ze strony sióstr pracujących w szkole, mistrzyni pensjonatu, wychowawczyń, jak i wychowanek. Uwzględniał wszystkie ich predyspozycje psychologiczno-etyczne w kształtowaniu charakterów, co było celem nadrzędnym.