Na czele nowego domu miała stanąć 42-letnia asystenka przełożonej matki de Thélis – s. Katarzyna Krystyna Branicka. Zabierając ze sobą 4 kandydatki do klasztoru, pod duchową opieką o. Wincentego od św. Wojciecha – pijara, zakonnice wyjechały z Warszawy 11 grudnia 1681 r. Z powodu zasp śnieżnych do Krakowa dotarły dopiero 19 grudnia. Tu początkowo zatrzymały się w letniej rezydencji bpa Małachowskiego, a następnie 21 grudnia przeniosły się do pensjonatu dla dziewcząt Zofii Czeskiej przy ulicy Szpitalnej, w którym miał powstać klasztor. Wkrótce przekonały się, w jak katastrofalnym stanie finansowym i materialnym znajduje się zakład. Nie można było
w tych warunkach myśleć o otwarciu nowicjatu. Nie było perspektyw na przyszłość, co potwierdzał także biskup.

22 lipca 1682 r. siostry przeniosły się na “Biskupie”, późniejszy “Plac Biskupi”, a obecnie ul. Biskupia, do stojących tam trzech budynków. Największy, składający się z sześciu izb i kilku pomieszczeń gospodarskich zamieniono na klasztor. Przy pomocy o. Stanisława Solskiego, jezuity, architekta biskupiego i jednocześnie przyjaciela Sióstr Wizytek, matka Branicka zaprowadziła ścisłą klauzurę.

Przystąpiono do budowy klasztoru. Projektantem całego obiektu był ceniony w Krakowie pod koniec XVII w. architekt Jan Solari. Dzięki energii matki Branickiej, pomocy bpa Małachowskiego i innych życzliwych osób, prace budowlane postępowały w szybkim tempie. W uroczystość patrona Fundatora, 24 czerwca 1692 r., zakonnice przeniosły się do nowego, chociaż jeszcze nie wykończonego budynku. Trzy lata później, realizując wcześniej złożony ślub, bp Jan Małachowski konsekrował kościół pod wezwaniem św. Franciszka Salezego.